1、乳酸性酸中毒
應用利奈唑胺過程中，有乳酸性酸中毒的報道。在報道的病例中，病人反復出現惡心和嘔吐。患者在接受利奈唑胺時，如發生反復惡心或嘔吐、腹痛、有原因不明的酸中毒、低碳酸血癥或換氣過度，需要立即進行臨床檢查。如果出現乳酸性酸中毒，應針對潛在風險權衡繼續使用利奈唑胺的益處。
2、線粒體功能障礙
利奈唑胺可抑制線粒體蛋白合成。該抑制作用可能導致不良事件，如乳酸性酸中毒、貧血和神經病變（視神經病變和周圍神經病變）；這些事件在使用藥物超過 28 天的情況下較常見。
3、5-羥色胺綜合征
利奈唑胺合用 5-羥色胺類藥物，包括抗抑郁藥，如：選擇性 5-羥色胺再攝取抑制劑（SSRIs），患者中有關于 5-羥色胺綜合征的自發性報告（見【注意事項】中的藥物相互作用）。因此，利奈唑胺禁止與5-羥色胺類藥物合用（參見【禁忌】）。
除非臨床上合適并且密切監測患者是否出現5-羥色胺綜合征或惡性綜合征樣(NMS-like)反應的相關體征和/或癥狀，否則利奈唑胺不可用于類癌綜合征和/或應用以下藥物的患者：5-羥色胺再攝取抑制劑、三環抗抑郁藥、5-羥色胺5-HT1受體激動劑（曲普坦類）、哌替啶、安非他酮或丁螺環酮。
當臨床上利奈唑胺需與5-羥色胺類藥物合用時，應密切觀察患者是否出現5-羥色胺綜合征的癥狀和體征，如認知障礙、高熱、反射亢進和共濟失調。如果出現了上述體征或癥狀，醫生應考慮停用其中1種藥物或2種藥物均停用。
在某些情況下，已接受5-羥色胺類抗抑郁藥或丁螺環酮的患者可能需要使用利奈唑胺緊急治療。如果沒有利奈唑胺替代藥物可用且應用利奈唑胺的潛在益處大于5-羥色胺綜合征或NMS-like反應的風險，應立即停用5-羥色胺類抗抑郁藥并使用利奈唑胺。患者應接受兩周（如使用氟西汀則為五周）監測或直到最后一劑利奈唑胺24小時后，以較早者為準。5-羥色胺綜合征或NMS-like反應的癥狀包括高熱、強直、肌陣攣、自主神經功能紊亂和精神狀態改變（包括極度激越并發展為譫妄和昏迷）。應當對患者的抗抑郁藥停藥癥狀進行監測。
如果出現了上述體征或癥狀，醫生應考慮停用其中一種藥物或兩種藥物均停用；如果停用5-羥色胺類藥物，可出現停藥癥狀（其相關的停藥癥狀見該藥物的說明書）。
4、周圍神經和視神經病變
在利奈唑胺治療的患者中有周圍神經病和視神經病變的報道，主要為治療時間超過了28天的最長推薦療程的患者。在視神經病變進展至視力喪失的病例中，患者治療時間超過了最長的推薦療程。在利奈唑胺治療小于28天的患者中，有視力模糊的報道。
如患者出現視力損害的癥狀，如：視敏度改變、色覺改變、視力模糊或視野缺損，應及時進行眼科檢查。對于所有長期（大于等于3個月）應用利奈唑胺的患者及報告有新的視覺癥狀的患者，不論其接受利奈唑胺治療時間的長短，均應當進行視覺功能監測。如發生周圍神經病和視神經病變，應進行用藥利益與潛在風險的評價，以判斷是否繼續用藥。
目前正在使用或最近使用過抗分支桿菌藥物治療肺結核的患者，如果同時使用利奈唑胺出現神經病變的風險可能會增加。