在定性檢測的基礎上，可以進一步對共價閉合環狀DNA（cccDNA）進行定量檢測。仍以PCR定量分析技術中，尤其是競爭PCR技術的敏感性和精確度高。方法是在PCR反應管中加入一種已知量的、能與野生模板等效擴增的內參照，內參照是經過突變處理的，其兩端尤其是引物退火區的序列與野生模板相同。PCR擴增后通過一定的方法將野生片段與突變片段區分開，分別計算其絕對量，或求出其相對比值，就可以推算PCR擴增以前野生模板的量。
He等建立了實時熒光定量PCR檢測cccDNA的方法。他們將TaqmanMGB探針設計在負鏈缺刻的下游，與負鏈互補結合。對cccDNA，在上游引物的引導下，Taq酶到達TaqmanMGB探針所結合的位點，利用其5’→3’外切活性將探針切斷，3’端的淬滅基團失去對5’端的發光基團的抑制作用，從而產生熒光信號。每擴增一個共價閉合環狀DNA（cccDNA）分子，就會產生一個熒光信號，PCR儀可對產生的信號進行實時監測，根據熒光信號的強弱對cccDNA進行定量。對rcDNA，由于上游引物引發的鏈延伸不能通過負鏈缺刻，故不能使TaqmanMGB探針被Taq酶切斷產生熒光信號。該方法的特異性比選擇性PCR進一步提高，可以消除高rcDNA背景可能產生的非特異性擴增。該方法的檢測低限可達100個拷貝，靈敏度比應用的任何一種其它方法都高。所有檢測在2小時內可完成。
還有其他一些更為敏感的檢測方法，如Shao等報告的兩步法對共價閉合環狀DNA（cccDNA）進行實時熒光定量。其設計與He等的方法有異曲同工之處，即都是利用rcDNA與cccDNA分子結構上是否完整來有效地將二者區分開來，實現對cccDNA的特異性檢測。該方法在熒光探針位置的選擇上更符合熒光PCR的要求，即探針越靠近引物效果越好，這樣檢測到的熒光信號質量和實時擴增曲線形狀可能更佳，而在He等的方法中探針與上游引物點之間的距離則至少需要在230個堿基以上。但是，該方法存在與套式PCR類似的缺點，即需要分兩步操作，單鏈延伸反應管開蓋后極有可能造成產物污染。