在診斷CC時，明確肝內膽管、肝外膽管、胰管及共同管并存的異常改變對手術術式的選擇非常重要。腹部B超是篩查CC 的最好手段，但是不能清楚顯示膽管、胰膽共同管及胰管的微細結構。ERCP卻能精確的顯示胰膽管系統的結構，特別是了解細微的病變，目前尚無其它檢查手段能替代，但這是一種有創性的檢查手段，不適于重復使用，易并發急性胰腺炎，而且對于嬰幼兒此檢查方法的成功率低。核磁共振胰膽管成像(MRCP)能夠顯示CC患兒的胰膽管系統，能準確的顯示由于畸形而致的狹窄、擴張及充盈缺損的程度。而且MRCP是一種無損傷的檢查手段，能部分的代替ERCP。在顯示梗阻近端膽道形態方面，MRCP也比ERCP有優越性。
如果術前能夠清楚的了解整個胰膽管系統，包括肝內膽管及胰管的細微機構，術中不必行膽管造影檢查。如果術前顯影不夠理想，術中膽管造影就相當重要。如果囊腫過大，經膽囊或膽總管的術中膽管造影常常不能顯示胰膽共同管和胰管的結構，必須在切除囊腫后選擇性的對肝內膽管或遠端膽總管進行術中膽管造影。