下丘腦性閉經是由下丘腦各種功能和器質性疾病引起的閉經。此類閉經的特點是下丘腦合成和分泌促性腺激素釋放激素（GnRH）缺陷或不足導致垂體促性腺激素（Gn），即卵泡刺激素（FSH）和黃體生成素（LH）特別是LH的分泌功能低下，故屬于低促性腺激素、低雌激素性閉經。臨床上按病因可分為功能性、基因缺陷或器質性、藥物性3大類。
1.功能性閉經
此類閉經是因各種應激因素抑制下丘腦GnRH分泌引起的閉經，治療及時可逆轉。
（1）應激性閉經精神打擊、環境改變等可引起內源性阿片類物質、多巴胺和促腎上腺皮質激素（ACTH）釋放激素水平應激性升高，從而抑制下丘腦GnRH的分泌。
（2）運動性閉經運動員在持續劇烈運動后可出現閉經。與閉經者的心理、應激反應程度及體脂下降有關。若體重減輕10%～15%，或體脂丟失30%時將出現閉經。
（3）神經性厭食所致閉經因過度節食，導致體質量急劇下降，最終導致下丘腦多種神經內分泌激素分泌水平的降低，引起垂體前葉多種促激素包括LH、FSH、ACTH等分泌水平下降。臨床表現為厭食、極度消瘦、低Gn性閉經、皮膚干燥，低體溫、低血壓、各種血細胞計數及血漿蛋白水平低下，重癥可危及生命。
（4）營養相關性閉經慢性消耗性疾病、腸道疾病、營養不良等導致體質量過度降低及消瘦，均可引起閉經。
2.基因缺陷或器質性閉經
（1）基因缺陷性閉經因基因缺陷引起的先天性GnRH分泌缺陷。主要為伴有嗅覺障礙的Kallmann綜合征與不伴有嗅覺障礙的特發性低Gn性閉經。Kallmann綜合征是由于染色體Xp22.3的KAL-1基因缺陷所致，特發性低Gn性閉經是由于GnRH受體1基因突變所致。
（2）器質性閉經包括下丘腦腫瘤，最常見的為顱咽管瘤；尚有炎癥、創傷、化療等原因。
3.藥物性閉經
長期使用抑制中樞或下丘腦的藥物，如抗精神病藥物、抗抑郁藥物、避孕藥、甲氧氯普胺（滅吐靈）、鴉片等可抑制GnRH的分泌而致閉經，但一般停藥后均可恢復月經。