根據發病機制的不同，治療不同。治療的原則包括通過去除抗原、抗體及免疫復合物來調節宿主免疫機制；借助免疫抑制藥物來誘導免疫抑制、和給予抗炎藥物，及在某些情況下用血小板抑制劑及抗凝藥物。如果不能清除抗原，則應減少抗原負荷和增加抗體，促使自身單核吞噬細胞系統去除免疫復合物。血漿置換用于抗基底膜病、急性移植物排異及狼瘡性腎炎（SLE）有效。血漿置換必須給予皮質類固醇和免疫抑制藥維持使用。
少數疾病（如SLE、急性移植物排異和膜型腎小球腎炎）對皮質類固醇每天給藥或大劑量用藥（即甲基強的松龍琥珀酸鈉靜脈注射）有效。硫唑嘌呤或霉酚酸酯與皮質類固醇合并應用對移植物排異及SLE可提供額外效果。環磷酰胺是Wegenerˊs肉芽腫治療的選擇，亦可能治療膜型腎小球腎炎及SLE。環孢霉素、藤霉素和霉酚酸酯對腎移植排異很有效，還可應用于治療其他免疫介導性腎臟疾病。急性腎移植排異可用抗T細胞單克隆抗體（OKT3抗體）或在動物中培養的抗人T細胞抗體（ATG）治療。
血小板抑制劑（雙嘧達莫，阿司匹林和噻氯匹定）是惟一推薦用于治療Ⅰ型膜增生型腎小球腎炎的藥物。對Ⅱ型膜增生型腎小球腎炎，由于刺激抗原仍存在，很難降低細胞毒抗體的水平。