臨床表現為腹痛、腹瀉、腹塊、瘺管形成和腸梗阻，可伴有發熱、貧血、營養障礙及關節、皮膚、眼、口腔黏膜、肝臟等腸外損害。本病可反復發作，遷延不愈。
消化系統表現
腹痛：位于右下腹或臍周，呈痙攣性疼痛，間歇性發作，伴腸鳴，餐后加重，便后緩解。如果腹痛持續，壓痛明顯，提示炎癥波及腹膜或腹腔內，形成膿腫。全腹劇痛和腹肌緊張可能是病變腸段急性穿孔所致。
腹瀉：由病變腸段炎癥滲出、蠕動增加及繼發性吸收不良引起。開始為間歇發作，后期為持續性糊狀便，無膿血或黏液。病變涉及結腸下段或直腸者，可有黏液血便及里急后重感。
腹部包塊：以右下腹與臍周為多見，是由腸粘連、腸壁與腸系膜增厚、腸系膜淋巴結腫大、內瘺或局部膿腫形成所致。
瘺管形成：是Crohn病臨床特征之一。由透壁性炎性病變穿透腸壁全層至腸外組織或器官，形成瘺管。內瘺可通向其他腸段、腸系膜、膀胱、輸尿管、陰道腹膜后等處。外瘺則通向腹壁或肛周皮膚。
肛門直腸周圍病變：少數病人有肛門、直腸周圍瘺管、膿腫形成，肛裂等病變。
全身表現
發熱：發熱系由于腸道炎癥活動或繼發感染引起，常為間歇性低熱或中等度發熱，少數呈弛張熱，可伴毒血癥。
營養障礙：因食欲減退、慢性腹瀉及慢性消耗疾病所致消瘦、貧血、低蛋白血癥、維生素缺乏、缺鈣、骨質疏松等癥。
急性發作期有水、電解質、酸堿平衡紊亂。
腸外表現
部分病人有虹膜睫狀體炎、葡萄膜炎、杵狀指、關節炎、結節性紅斑壞疽性膿皮病、口腔黏膜潰瘍、慢性肝炎、小膽管周圍炎、硬化性膽管炎等，偶見淀粉樣變性或血栓栓塞性疾病。