信號肽酶有三個定義：
定義1：生物化學與分子生物學—在質膜蛋白插入到質膜中后去除信號肽的一組肽內切酶。包括信號肽酶Ⅰ和信號肽酶Ⅱ。
定義2：細胞生物學—合成中的分泌蛋白肽鏈進入內質網腔后，切除其信號肽的酶。
定義3：遺傳學—可切除分泌型蛋白質N端信號肽的蛋白酶。
