報道的阿巴卡韋、拉米夫定和齊多夫定的不良反應列于上表。對于其中多數副作用，尚不清楚是否與活性成分有關，或者與治療HIV感染中大量藥物的使用有關，或者本身就是由潛在的疾病進展引起的。
阿巴卡韋的過敏反應 ：與阿巴卡韋過敏反應有關的征象和癥狀總結如下 ：
胃腸道 -惡心、嘔吐、腹瀉、腹痛、嘴部潰瘍 ；
神經病學/精神病學 -頭痛、感覺異常 ；
血液學 -淋巴細胞減少 ；
肝/胰腺 -肝功能指標升高 ；
肌肉和骨胳 -肌痛、肌溶解、關節痛、肌酸磷酸酶升高 ；
呼吸道 -呼吸困難、喉痛、咳嗽、流感樣綜合征 ；
皮膚 -皮疹(通常為斑丘疹和蕁麻疹) ；
泌尿科學 -肌酸酐升高、腎衰 ；
其它 -發熱、嗜睡、不適、水腫、淋巴節病、低血壓、結膜炎、過敏癥。
臨床研究中，接受阿巴卡韋治療的病人約有4%發生過敏反應，盡管采取預防措施，部分是危及生命和致死的過敏反應。這種過敏反應的特點是累及多個臟器。
幾乎所有病人的過敏反應均有發熱和/或皮疹(通常為斑丘疹和蕁麻疹)成為綜合征的一部分，但是也曾出現過無皮疹和發熱的過敏反應。
一些發生過敏反應的病人起初會被認為有胃腸道疾病、呼吸道疾病(肺炎，支氣管炎，咽炎)或流感樣疾病。這些會延誤過敏反應的診斷，阿巴卡韋繼續服用或重新使用會導致更為嚴重的過敏反應和死亡。因此，對出現這些疾病癥狀的病人應仔細考慮是否診斷為過敏反應。
癥狀通常發生于治療過程中的前6周內(平均為開始治療后的第11天)，也可發生于治療過程的任何時間。有必要在治療的最初兩個月進行密切的醫療監測，每兩周會診一次。
預見引起阿巴卡韋過敏反應發生的嚴重性的危險因素尚未證實，但是很可能間歇治療可以增加過敏反應發生的危險從而產生顯著的臨床過敏反應。因此應告知病人定時服用本品的重要性。
發生過敏反應后重新服用本品或任何其它含阿巴卡韋的制劑可在數小時內使癥狀迅速發生。這種復發的過敏反應通常比初發更嚴重，而且可能發生危及生命的低血壓和死亡。
為避免延誤診斷和減少危及生命的過敏反應的發生，一旦發生不能排除其它情況的過敏反應，即使可能為其它診斷(呼吸道疾病、流感樣疾病、胃腸道疾病或對于其它藥物的反應)，本品必須停用。
迅速發生的過敏反應，包括危及生命的反應曾出現在停用阿巴卡韋前僅有一項關鍵過敏反應癥狀(皮疹、發熱、胃腸道癥狀、呼吸道癥狀和如嗜睡和不適)出現后重新服用阿巴卡韋的病人。對于先前沒有出現過過敏反應癥狀而重新開始治療后出現過敏反應的病人的報道非常罕有。必須在醫療協助具備的情況下作出重新開始接受本品治療的決定。
阿巴卡韋的過敏反應必須警告每個病人。
已報道的單一成份的不良反應 ：見上表。一旦上述任何癥狀發生，必須注意減少過敏反應發生的可能。
乳酸酸中毒 ：采用核苷類似物進行治療與乳酸酸中毒有關，有時是致死性的，通常伴發嚴重肝腫大和肝硬化。
與齊多夫定有關的血液學不良反應 ：貧血、中性粒細胞減少和白細胞減少，這些常見于大劑量(1200-1500 mg/天)用藥和HIV感染進展期病人(尤其是治療前骨髓增生不良的病人)，特別是CD4細胞計數[100/mm3的病人。此時可能需要減少劑量或停止治療。貧血病人可能需進行輸血。
齊多夫定治療開始時，中性粒細胞數、血紅蛋白水平、血清維生素B12水平低的病人在使用齊多夫定時，中性粒細胞數減少的機率也會增加。