飼料防霉劑的防霉效果并非一成不變，即使使用同一品種、同一劑量的防霉劑，在不同類型的飼料中使用也有明顯差異。因而在使用防霉劑時應注意以下問題：
飼料的pH。不同的防霉劑抑菌作用的最適pH值范圍不同，如苯甲酸的最適p H值為2.5～4.0，在5.5以上對很多霉菌無作用；山梨酸可在5～6以上使用；丙酸的最適p H值在4.0以下；富馬酸二甲酯為3～8內。可見，選擇防霉劑應注意飼料的p H。
飼料的含水量。水分是決定飼料中霉菌能否生長的一個最重要的因素之一。當飼料中的水分超過13%～14%時，霉菌易于生長；當飼料中水分超過15%后，霉菌生長速度加快，毒素的產生也相應增加。因而要提高飼料防霉劑的使用效果，飼料水分應控制在14%以下為宜。
溫濕度。危害谷物的霉菌在溫度7℃、濕度為75%時就可生長，當溫度為20～30℃、濕度為80%以上時，生長發育最快；其中曲霉菌屬最適生長溫度為30℃左右，青霉菌屬為25℃，鐮刀菌屬一般為20℃左右。因此，在不同溫度和濕度條件下，對防霉劑的添加劑量有不同的要求，氣溫高、濕度大，添加的量就應多。
飼料的成分。有機酸防霉劑的抑菌效果取決于未電離分子比例，因而也就取決于影響它電離分子的諸多因素。如飼料加入碳酸鈣對有機酸抑菌作用起到最不利的影響；蛋白添加劑也不同程度地使有機酸的抑菌性能下降，其原因在于蛋白質的緩沖能力而中和酸；而脂肪又能提高有機酸的穿透性，進而增進抑菌作用。所以，含高水平碳酸鈣、高銅或高水平蛋白質的日糧需要更高水平的防霉劑。
飼料劑型。飼料制粒可部分消滅飼料微生物并減少霉菌數，因而制粒過程中顆粒料就比粉料推遲發生霉變，但制粒過程中并不能完全消滅真菌，一旦再度受潮就會加速霉菌繁殖，并導致飼料霉變的速度比粉料更快。因此顆粒料加入防霉劑更為重要。