實驗方法原理 羥乙基修飾的瓊脂糖可降低鏈間的氫鍵數目，并可在比標準瓊脂糖更低的溫度下熔化和凝固。多糖鏈上這種替換發生的程度決定了瓊脂糖熔化與凝結的確切溫度。這 一特性構成了從凝膠中回收及操作 DNA 的基礎（Wielander 1979; Parker and Seed, 1980)。
實驗材料 DNA 樣品
試劑、試劑盒 乙酸銨氯仿乙醇溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液載樣緩沖液LMT 洗脫緩沖液Tris-HClEDTA酚氯仿平衡飽和酚TAE 電泳緩沖液TE
儀器、耗材 低熔點瓊脂糖制備凝膠Sorvall SS-3 或等同轉子紫外燈水浴
實驗步驟
一、材料
1. 緩沖液和溶液
乙酸銨（10 mol/L）
氯仿
乙醇
溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液
6X 載樣緩沖液
LMT 洗脫緩沖液（20 mmol/L Tris-HCl (pH 8.0)，1 mmol/L EDTA (pH 8,0)）
酚: 氯仿（1:1，V/V)
平衡飽和酚（pH 8.0)
1X TAE 電泳緩沖液
TE ( pH 8.0)
2. 凝膠
低熔點瓊脂糖制備凝膠
3. 核酸和寡核苷酸
DNA 樣品
4. 離心機及轉子
Sorvall SS-3 或等同轉子
5. 專用設備
手提式長波段（302 nm ) 紫外燈
預設溫度 65℃ 的水浴
二、方法
1. 用 1X TAE 電泳緩沖液灌制一塊含有適當濃度的低熔點瓊脂糖凝膠。
所以選擇 TAE 而非 TBE 有幾個理由。主要是 TBE 中的硼酸鹽離子能抑制連接反應，并能干擾從玻璃珠上洗脫下來的 DNA 片段的純化。
2. 待凝膠冷卻至室溫后，將凝膠連同支撐用的玻璃板一起移至膠盒的水平表面上。
凝膠也可以放在冷室以保證凝膠充分凝固。
3. 將 DNA 樣品與載樣緩沖液混合，注入到加樣孔中，以 3~6 V/cm 的電壓進行電泳。
特定分子質量大小的 DNA 在低熔點瓊脂糖凝膠中的泳動速度快于常規瓊脂糖凝膠。正因為如此，低熔點瓊脂糖所加電壓應低于常規瓊脂糖凝膠。
4. 如需要，用溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液進行染色。用手提式長波（302 nm）紫外燈確定所需條帶的確切位置。
5. 用一鋒利的刀片或剃刀切下含目的條帶的瓊脂糖凝膠切片，轉移至一個干凈的一次性使用的塑料管里。
盡量使切出的瓊脂糖切片體積最小，以減少抑制劑對 DNA 的污染量。
6. 切下條帶后，進行拍照，從而獲得切出條帶的記錄。
7. 加約 5 倍體積的 LMT 洗脫緩沖液至瓊脂糖切片中。蓋好管蓋，于 65℃ 溫育 5 min 熔化凝膠。
8. 待凝膠冷卻至室溫后，加等體積的平衡酚，將混合液混旋 20 s。在 20℃ 以 4000 g ( Sorvail SS-34 轉子 5800 r/min ) 離心 10 min, 回收水相。
9. 再用等體積的酚: 氯仿、氯仿各抽提1次。
10. 水相轉移至另一新的離心管中。加 0.2 倍體積的 10 mol/L 乙酸銨和 2 倍體積 4℃ 的無水乙醇。混合液在室溫下放置 10 min。然后 4℃，5000 g ( Sorvall SS-34 轉子相當于 6500 r/min) 離心 20 min, 沉淀回收 DNA。
11. 用 70% 乙醇清洗沉淀，并溶于適當體積的 TE ( pH 8.0）中。