1、工作原理不同，一種是光學原理，一種是電學原理。
2、分辨率不同，透射電鏡極大提高分辨率。
3、成像原理不同，一種是反射光（也有少部分透射光），一種是透射成像。
4、儀器、價格、維護不同。
5、透射電子,可以看到在光學顯微鏡下無法看清的小于0.2um的細微結構，這些結構稱為亞顯微結構或超微結構。要想看清這些結構，就必須選擇波長更短的光源，以提高顯微鏡的分辨率。
6、電子束的波長要比可見光和紫外光短得多，并且電子束的波長與發射電子束的電壓平方根成反比，也就是說電壓越高波長越短。
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